益生菌常被推薦用來幫助維持消化道機能、調節生理機能，益生菌是一種活性的微生物，一般人最重視的益生菌功效通常是：幫助調整體質、以及幫助新陳代謝，再進而開始探索益生菌怎麼吃 ：比如透過優格和發酵食品、益生菌保健品來攝取到好菌。
聖地亞哥加州大學的Rob Knight教授曾指出一個有趣的觀點：「你是微生物，而不是人類」，因為實際上「具有生態概念」的益生菌中有許多微生物與我們體內自然存在的微生物都是相同或相似，因此如何為自己創造一個友善好菌的生態圈，便是一門實際的藝術。

我們可以將益生菌視為一個多樣化的微生物群落：例如「森林」，益生菌會在體內分工合作來幫助森林保持生態健康，因此持續保持體內友善好菌的生態平衡，就自然而然能幫助調節生理機能、調整體質健康維持。
美國國衛院的NCCIH曾發表「微生物群落」的生態對於健康有著關鍵性的影響，
因此針對調整體質需求，會推薦益生菌必須要具備「生態概念」的技術：

1.益生菌株是否具有國家級認證：
例如加拿大衛生部官方專門的益菌技術相關認證、或國際菌株中心MTCC認證、以及第三方公正檢驗。

2.益生菌、益生質、後生元三者是否兼顧：
宣稱不甜的益生菌，不代表有兼顧『益生菌、益生質、後生元』三者此三者好菌的生態關鍵，可以進一步確認有無寡醣、松谷植物膳食纖維、草本蔬果精華等等輔助配方。

3.益生菌配方是否有結合三大需求：
調整體質、益敏保護、代謝順暢，擁有此三大需求的植物輔方成分，將能進階啟動生態循環、完整兼顧健康需求，例如柑橘來源的黃素酮類、葡萄來源的抗氧化物等等。

事實上，對於判斷代謝順暢類型的益生菌推薦相當簡單：確認結合益生元成分、以及關注益生菌的活性報告。
益生元是一種複雜的碳水化合物，可以想像益生元是好菌的「食物來源」，它們有助於餵養好菌並保持其健康，常見的益生元包括膳食纖維與寡醣，當您有確認一款益生菌產品有結合了益生菌和益生元時，也可以稱他為「合生元」。

WHO(世界衛生組織)專家曾提出菌株選擇標準的建議是：「益生菌的活性，比來源更重要」，一般益生菌通常會強調菌數的多寡，但若需從根本建立起代謝順暢跟調整體質的「好菌生態圈」，建議確認益生菌關鍵的「菌株活性實驗報告數據」。